L’étang forme un écosystème aquatique intéressant, par plusieurs aspects. Tout d’abord, il a été assez préservé de la main de l’homme. Bien sûr, il suffit de voir la station balnéaire de Port-Barcarès, à l’Est, pour être convaincu du contraire, et pourtant cette station balnéaire n’influe que très peu sur l’étang lui-même. En effet, la station est à cheval entre l’étang et la mer, qui absorbe une grande partie des effets néfastes de l’activité humaine. Qui plus est, le canal de communication avec la mer a été aménagé, ce qui permet à l’étang de mieux “respirer”, que l’on peut traduire par sa capacité à évacuer les limons sablonneux qui s’y accumulent naturellement.
Quant à traiter les activités humaines sur l’étang, citons au Sud la base aérienne militaire, très peu utilisée, la base d’essais d’hydravions, qui n’a fonctionné que 10 ans il y a 50 ans maintenant, et la pêche, qui a induit la construction de cabanes traditionnelles avant, puis de baraques de pêcheurs au XXe siècle à deux endroits bien particuliers, à l’anse de la Roquette pour la plus importante (Sagne del Dévès). La conchyliculture est aussi bien développée, bien qu’à moindre échelle que dans l’étang de Bages, dans l’Aude.
Concernant la situation géologique, il faut savoir que l’étang de Salses est d’origine marécageuse, les marécages s’étendant vers l’Ouest et le Sud. Ils ont en grande partie été asséchés, ils s’étendaient sur toute la route une large bande littorale entrant de plusieurs kilomètres dans les terres. Ainsi, Elne était une ville côtière, la plaine du Roussillon était impraticable, et les abords de l’étang de Salses trop humides pour pouvoir y vivre. Par ailleurs il était balayé par la Tramontane, violente, qui suit les contours des Corbières pour souffler sur l’eau. C’est d’ailleurs la tramontane qui assure la purge de l’étang des limons qui s’entassent.
